1. 研究目的与意义
内容:搜集连翘的化学成分,从中药系统药理学技术平台(TCMSP,http://lsp.nwu.edu.cn/index.php)进行OB(100%)≥30和DL值≥0.18进行筛选,得到活性成分及其相关靶点。
将相关靶点的蛋白质名称导入uniprot(https://www.uniprot.org/)找出其与人类基因并进行整合去重,得到成分-靶点和蛋白质-靶点的关系。
将得到的成分-靶点和蛋白质-靶点的关系分别导入运用 Cytoscape 3.1 建立网络关系图,再将所有基因进行整合去重,将整合后的基因借助于Clue Go 等得到主要的通路。
2. 文献综述
单独附在开题报告后面
3. 设计方案和技术路线
研究方案:以网络药理学为指导思想,采用计算机辅助分子对接技术绘制出连翘中成分-靶点-疾病的网络图,阐明成分、靶标和疾病间的关系及其主要通路。
1.搜集连翘清热解毒的化学成分,从中药系统药理学技术平台(TCMSP,http://lsp.nwu.edu.cn/index.php)进行OB(100%)≥30和DL值≥0.18进行筛选,得到活性成分及其相关靶点。
2.将相关靶点的蛋白质名称导入uniprot(https://www.uniprot.org/)找出其与人类基因并进行整合去重,得到成分-靶点和蛋白质-靶点的关系。
4. 工作计划
(1)2022年8月~2022年11月搜集连翘清热解毒的化学成分,从中药系统药理学技术平台(TCMSP)下载化学结构和主要活性成分及其相关靶点。
(2)2022年11月~2022年3月成分相关靶点的蛋白质名称导入uniprot(https://www.uniprot.org/)找出其基因并进行整合去重,导入Cytoscape软件,进行化学成分-靶标相互作用网络的构建,并进一步建立成分--靶标--疾病的网络,借助于ClueGO软件等得到主要的通路。
(3)2022年3月~2022年6月整理论文,准备答辩。
5. 难点与创新点
1.通过网络药理学方法融合系统生物学、多向药理学、计算生物学、网络分析等多学科的技术和内容, 进行疾病-表型-基因-药物多层次网络的构建, 从整体的角度去探索药物与疾病间的关联性, 发现药物靶标, 指导新药研发。
网络药理学具有整体性、系统性的特点。
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