1. 研究目的与意义
小分子探针确定生物活性化合物细胞内作用靶点在基于活性的蛋白质谱分析(activity-based protein profiling, ABPP)中发挥关键作用,ABPP是研究酶的表达和功能的主要方法之一。
生物正交(Bio-orthogonal)探针尽管避免了生物素等报告基团的弊端,但由于生物素与亲和素的亲和力非常高,很难将被标记的靶标蛋白从亲和素-琼脂糖上定量地完全地洗脱下来,采用高强度的条件洗脱时,将生物素或亲和素上非特异性结合的蛋白也洗脱下来。
将可切断链引入探针分子,能使很低丰度的靶标蛋白从固相载体上定量地、选择性地释放出来。
2. 文献综述
可切断的链在ABPP中的应用综述摘要:小分子探针确定生物活性化合物细胞内作用靶点在基于活性的蛋白质谱分析(Activity-based protein profiling, ABPP)中发挥关键作用,ABPP是研究酶的表达和功能的主要方法之一。
近年来,可切断的链(Cleavable linkers)已经成为促进蛋白质富集和鉴定的常用策略。
本综述介绍了可切断的链,包括在探针分子中引入可切断的链的优势,以及将其应用于ABPP的研究现状。
3. 设计方案和技术路线
(一)、查找文献,学习相关知识;(二)、结合文献开始做实验,熟悉实验操作,通过实验筛选出合适的可切断链;(三)、验证所得可切断链是否为实验所需;(四)、将所得可切断链与探针分子结合,再用ABPP研究靶标蛋白的作用机制;(五)、结合实验结果,撰写毕业论文。
4. 工作计划
1月 查阅文献资料,学习相关知识;2月 开始熟悉实验操作,筛选合适的可切断链;3月 继续筛选合适的可切断链,完成毕业论文开题报告;4月 验证筛选出来的可切断链是否符合本实验要求;5月 验证完成后将可切断链与探针分子结合,通过ABPP技术研究靶标蛋白作用机制,并开始着手撰写本科生毕业论文;6月 完成本科生毕业论文。
5. 难点与创新点
探针分子用于靶标鉴定主要是利用小分子与靶标生物大分子的紧密结合, 并通过小分子上连接的生物素、荧光、同位素、光亲和基团以及固相载体的作用, 有效地标记或分离出结合的靶标生物大分子, 通过凝胶电泳和质谱等分析手段确认靶标蛋白或丰度变化。
但是这种方法尽管是用生物正交探针,避开了生物素等报告基团的弊端,又生物素与亲和素的亲和力非常高,很难将被标记的靶标蛋白从亲和素-琼脂糖上定量地完全地洗脱下来。
可切断的亲和标签策略作为一种新的探针技术,能使很低丰度的靶标蛋白从固相载体上定量地、选择性地释放出来。
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