长江刀鲚精巢转录组微卫星分布特征的研究开题报告

1. 研究目的与意义、国内外研究现状（文献综述）

1.1研究目的及意义刀鲚属鲱形目、鳀科、鲚属，体长而侧扁，前体稍高，向后渐细尖呈镰刀状,故而得名，俗称刀鱼、毛刀鱼、毛花鱼、胡子鱼、鲚鱼。

刀鲚为洄游性鱼类，分布在大西洋以西，在我国产于黄渤海和东海一带，凡通海的江河如辽河、黄河、海河、长江、钱塘江均能见到。

每年春暖花开时鱼群会群集从进海口逆流而上，进入江河生殖洄游，洄游最远可至洞庭湖。

2. 研究的基本内容和问题

2.1研究目标 1.对转录组进行测序获得长江刀鲚转录组序列2.找出并分析转录组微卫星重复序列3.以期为长江刀鲚基因表达调控研究、微卫星标记开发和刀鲚基因组遗传进化提供研究基础2.2研究内容：利用 Perl操作平台下的MISA软件(MISA-MIcroSAtellite identification tool，MISA) (http://pgrc.ipk-gatersleben.de/misa/)在Unigene中搜索SSR位点，使用RPKM法(Reads Per kb per Million reads)，RPKM=(1 000 000*C)/(N*L*1000)。

设RPKM为Unigene A的表达量，则C为比对到Unigene A的reads数，N为比对到所有Unigene的总reads数，L为Unigene A的碱基数。

下载Windows下使用的32位版的本地比对软件blast-2.2.23-ia32-win32.exe(ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/release/LATEST/blast-x.x.x-ia32-win32.exe)，并按照操作说明安装。

3. 研究的方法与方案

3.1研究方法1. 基于perl语言的简单重复序列(SSR)分析搜索2. 基因表达量计算方法3. 编码蛋白框预测3.2技术路线提取长江刀鲚mRNA→转录组测序→简单重复序列(SSR)分析→计算基因表达量→预测编码蛋白框3.3 实验方案每年的4-7月份在长江各江段采样，利用 Perl操作平台下的 MISA软件分析长江刀鲚转录组序列，使用RPKM法计算基因表达量可直接用于比较不同样品间的基因表达差异，从而为微卫星标记开发、长江刀鲚基因组遗传进化提供研究基础。

3.4 可行性分析本课题的导师专门从事研究长江刀鲚的研究人员，对长江刀鲚的生物学特性非常了解，在转录组方面也做过很多研究，对于本实验设计的各项试验技能已经十分熟练，为本课题的开展打下坚实的基础，因此本课题组成员坚信，如开展本课题研究，一定能按时按量完成工作量。

4. 研究创新点

1．本研究针对长江刀鲚转录组微卫星分布进行研究分析，了解长江刀鲚转录组序列所含微卫星重复序列的特征和组成情况，深入联系微卫星与生物个体性状和遗传信息的关系，以期为长江刀鲚基因表达调控研究、微卫星标记开发和刀鲚基因组遗传进化提供研究基础。

2．本研究利用利用 Perl 语言，对长江刀鲚转录组序列进行大通量SSR位点的发掘进行研究，这一研究是长江刀鲚转录组特征分布的首次研究，本研究如获成功将对长江刀鲚的遗传进化研究具有重大的借鉴意义。

5. 研究计划与进展

(1) 2013.06-2013.07 采样，查阅资料，试拟定试验方案。

(2) 2013.08-2013.12 实验，进行试验数据的整理、分析。

(3) 2014.01-2014.4撰写开题报告、毕业论文。

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