1. 研究目的与意义、国内外研究现状（文献综述）
课题的意义
2019年12月，在湖北省武汉市华南海鲜市场出现了新型冠状病毒肺炎疫情，该病潜伏期长，传染性极强，蔓延迅速[1,2]，在全国范围乃至全球多个国家爆发了该病，导致7万多人感染，由于没有疫苗和缺乏针对性的药物，当前主要是通过隔离感染人群、控制传染源、切断传播途径等手段防控该病蔓延。因此，该病发生以来，寻找病毒的来源、发现病毒变异的中间宿主成为防控该病重要的环节。作为重要的人兽共患病病毒，冠状病毒可以感染人和多种动物，尤其是常见的猪、禽、牛、马、犬、猫等家畜和伴侣动物，主要引起呼吸道、消化道和神经系统疾病。这些和人类生活密切相关的动物是否有可能成为2019新型冠状病毒传播的中间宿主并发挥传播疾病的作用是人们非常关注的问题，包括能否安全的吃肉、饲养宠物等问题也引发很多讨论。
鉴于此，本项目收集2019新型冠状病毒和常见动物冠状病毒序列，从病毒全基因组、S蛋白和N蛋白水平，利用Blast、DNAMAN等软件，分析其进化关系和同源性，为冠状病毒的跨种传播提供相应的分析数据，为新型冠状病毒的防控提供理论依据。
2. 研究的基本内容和问题
研究目标：
1、分析2019新型冠状病毒与常见动物冠状病毒基因组的同源性及遗传演化关系；
2、分析2019新冠病毒与常见动物冠状病毒S蛋白及受体结合区域的同源性及遗传演化关系；
3. 研究的方法与方案
研究方法：
1、冠状病毒序列的来源：从GenBank数据库中筛选出2019新型冠状病毒和不同常见家养动物冠状病毒基因组序列，包括猪冠状病毒、牛冠状病毒、马冠状病毒、禽类冠状病毒、犬冠状病毒、猫冠状病毒等基因组序列；
2、基因序列分析：用BLAST、DNAMAN等软件进行同源性分析，利用MEGA 6.0软件和ML（Maximum Likelyhood）方法分别构建系统进化树。
4. 研究创新点
该研究主要侧重于常见家养动物冠状病毒与2019新型冠状病毒的在S蛋白和N蛋白上的同源性分析，在此基础上分析进化关系。
5. 研究计划与进展
研究计划
密切关注GenBank数据库的更新，收集2019新型冠状病毒和不同常见家养动物冠状病毒基因组序列。通过生物信息学手段，对所获得的基因组序列分类。采用Blast和DNAMAN分析软件，针对病毒的S蛋白和N蛋白进行同源性分析。最后用MEGA6.0绘制树状图进行进化关系分析。
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